Kopfschmerzen können als Folge von Symptomen eines grippalen Infektes oder einer Grippe auftreten. Beispielsweise blockieren die geschwollenen Nasenschleimhäute den Abfluss des vermehrt gebildeten Nasensekretes. Der dabei entstehende Druck kann Kopfschmerzen auslösen.
Des Weiteren können vermehrt Zytokine (Botenstoffe) als Immunantwort auf einen grippalen Infekt ausgeschüttet werden. Diese stehen im Verdacht, in höheren Konzentrationen für Kopfschmerzen verantwortlich zu sein.